Algunas
aplicaciones ( bajo Linux ) pueden llegar a ser algo complicadas de
instalar.
- Inexistencia de garantía por parte del autor, por ello existen comunidades, que ayudan y aportan tanto en código como en soluciones.
- Poca estabilidad y flexibilidad en el campo de multimedia y juegos.
- Menor compatibilidad con el hardware.(se esta trabajando en ello)
- Dificultad en el intercambio de archivos: esto se da mayormente en los documentos de texto (generalmente creados con Microsoft Word), ya que si los queremos abrir con un Software Libre (p/ ej. Open Office o LaTeX) los formatos se dañan cuando se utiliza tablas por lo demas funciona perfectamente.

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